It's still a bit of a mystery how the box had come to be there. почему тут past perfect объясните .

Здесть Past perfect потому что это действие окончено, то есть Это слегка загадочно, как коробка появилась здесь. Всё, она появилась. Больше с ней ничего не происходит и не будет происходить. Past perfect это время в котором описывается действие которое УЖЕ окончено и не будет повторяться, а Past Simple это повторяющиеся действие.))

Надеюсь я