3.Joe has crashed his car three times sinse Christmas.(почему здесь нужно поставить has?) 4.Did you done your homework, or have you been watching TV?(почему здесь нужно did заменить на have?)

has употребляется с местоимениями 3 лица единственного числа - he, she, it, в данном предложении ещё и потому, что используется Present Perfect Tense.

did заменяется на have так как опять же, время Present Perfect, на что нам указывает глагол done (do в третьей форме) и have, а не has, так как местоимение you имеет множественное число в английском языке.