Почему предложение, например: "ты хороший водитель? " на будет "are you a good driver? ", а не "do you a good driver? ", если это present simple с правилом: do/does + подлежащее + глагол?

Потому что ответом на вопрос будет "Я - хороший водитель".
т.е.  "I AM a good driver" 
a good drive - не является глаголом
в предложении "Do you a good driver?" нет сказуемого, поэтому этот вариант вопроса неправильный.