В течение 30 лет Песталоцци жил в изоляции в своем имении Нойхоф, много писал на образовательные, политические и экономические темы, указывая пути улучшения жизни бедных. Его предложения игнорировались его соотечественниками, и он становился все более подавленным. Он бы принял должность советника по вопросам образования в любой точке Европы, если бы он был готов. Его основной философский трактат «Meine Nachforschungen über den Gang der Natur» в «Entwicklung des Menschengeschlechts» (1797; «Мои исследования хода природы в развитии человечества») отражает его личное разочарование, но выражает твердую веру в ресурсы человека. природа и его убеждение, что люди несут ответственность за свое моральное и интеллектуальное состояние. Таким образом, Песталоцци был убежден, что образование должно развивать человека думать самостоятельно.
Шанс Песталоцци действовать начал после Французской революции, когда ему было более 50 лет. Французская Гельветическая Республика в Швейцарии пригласила его организовать высшее образование, но он предпочел начать с самого начала. Он собирал десятки нищих военных сирот и заботился о них почти в одиночку, пытаясь создать семейную атмосферу и восстановить их моральные качества. Эти несколько изнурительных месяцев в Штансе (1799 г.), согласно собственному рассказу Песталоцци, были самыми счастливыми днями в его жизни.
С 1800 по 1804 год он руководил образовательным учреждением в Бургдорфе, а с 1805 по 1825 год - школой-интернатом в Ивердоне, недалеко от Невшателя. Обе школы полагались на средства платных учеников, хотя некоторые бедные дети были приняты, и эти институты служили экспериментальной базой для проверки его метода в трех его ветвях - интеллектуальном, моральном и физическом, причем последнее включает профессиональное и гражданское обучение. Они также должны были финансировать «мечту» его жизни, индустриальную (то есть, бедную) школу. Институт Ивердон стал всемирно известным, привлекая учеников со всей Европы, а также многих иностранных гостей. Некоторые приглашенные педагоги, например, Фридрих Фребель, Дж. Ф. Хербарт и Карл Риттер, были настолько впечатлены, что они продолжали изучать метод и позже внедрили его в свое собственное обучение.
В то время как преданные продолжали обучение, Песталоцци оставался сердцем и душой института и продолжал отрабатывать свой метод. Wie Gertrud ihre Kinder lehrt (1801; как Гертруда учит своих детей) содержит основные принципы интеллектуального образования: то, что врожденные ребенка должны развиваться, и что он должен научиться думать, постепенно переходя от наблюдения к пониманию к формированию ясного идеи. Хотя метод обучения рассматривается более подробно, Песталоцци считал моральное воспитание выдающимся.
Семейный дух, преобладающий в Ивердоне, был разрушен в последующие годы все более острым спором между учителями за первое место на стороне Песталоцци. Долгожданная бедная школа, созданная за счет выручки от публикации его собраний, просуществовала всего два года. К великому огорчению Песталоцци, Институт Ивердон потерял свою славу и своих учеников. Его усилия по примирению были напрасны. С несколькими учениками он отступил в Нойхоф в 1825 году, грустный, но убежденный, что его идеи в конце концов возобладают. Его «Шваненгесанг» (1826; «Лебединая песня») завершился утверждением «Жизнь сама воспитывает».
Песталоцци был впечатляющей личностью, высоко ценившейся современниками. Его концепция образования охватывала политику, экономику и философию, и влияние его «метода» было огромным.