Почему в /американцы иногда употребляют в речи время,которое по правилам грамматики не должно здесь употребляться? например: what did you do with my babies? -говорит носитель языка я бы поставила так: what have you done with my babies?

Оба времени обозначают действия, которые произошли в заблуждение: Present Perfect иcпользуется, если действие произошло недавно, а Past Simple - если давно. Это не всегда так, потому что употребление того или иного времени определяется отношением говорящего к событиям.Past Simple (Действие не относится к настоящему моменту, Когда-то в к настоящему отношения не имеет)
Present Perfect Действие (а точнее, его результат) относится к настоящему
(указатели just, already, yet, recently, lately)(действия относятся к но связаны с настоящим.)