Безусловно, эти условия отличаются довольно существенно. В условиях агроценозов происходит искусственная культивация одних видов, приносящих пользу для человека, и уничтожение или существенное ограничение численности всех видов нанести какой-либо ущерб культурным растениям. В биоценозах же существует абсолютная свобода перемещения, пищевого поведения, размножения и других видов деятельности для всех живых организмов.
В условиях агроценоза, в отличии от биоценозов, не происходит полноценный, завершённый до конца цикл круговорота вещества и энергии. Это связано с тем, что всю вегетативную массу, плоды и семена, выращиваемых человеком растений, он забирает себе. В естественных биогеоценозах чаще происходит полноценный процесс циркуляции всех веществ и энергии, включающих продуцентов, консументов и редуцентов с основным нескончаемым источником энергии в виде солнечного света.
Агроценозы, в отличии от биоценозов, требуют регулярного вмешательства со стороны человека, в виде разнообразных поливов, внесений удобрений, механической обработки почв, опрыскивания его территории разнообразными фунгицидами, инсектицидами и другими хим веществами. Это существенному изменению в структуре генома видов, обитающих на их территории.
