Главное отличие - наличие цветка у Покрытосеменных. Также у Покрытосеменных более совершенна проводящая система - сосуды, а у Голосеменных - трахеиды (скорость продвижения у сосудов в 4 раза больше, чем у трахеид). Ещё у Покрытосеменных имеется двойное оплодотворение (у Голосеменных - простое).
