Основна складність боротьби із вірусними захворюваннями полягає у тому, що с часом вони схильні змінювати структуру генетичної інформації, що входить до їх складу (це може бути або ДНК або РНК). Відповідно, з кожною подібною зміною людство повинно буде змінювати склад вакцин, які потрібні для того, щоб проводити їх профілактику і, якщо вони будуть винайдені в майбутньому, змінювати препарати, що призначенні для їх винищення. Подібна мінливість вірусів пов’язана з характерною для них постійною взаємодією їх штамів один з одним в процесі якої відбувається дрейф генів та обмін між ними генетичною інформацією.
Важливо також розуміти, що вірусні хвороби через свою дуже високу контагіозність (заразність) дуже швидко розповсюджуються і здатні швидко вражати великі об’єми населення найрізноманітніших в. Прикладом подібних процесів можуть слугувати майже щорічні пандемії грипу. А враховуючи постійний дрейф генів між вірусами, їх високу здатність до пристосування по відношенню по найрізноманітніших умов навколишнього середовища та здатність до постійної зміни генетичного матеріалу, який вони несуть всередині себе — не виключено, що будь які намагання людства спинити щорічні спалахи грипу по усьому світі ніколи не буду дійсно дієвими. На захист наших вчених можна сказати, що вони досягли деяких успіхів у боротьбі з деякими вкрай небезпечними вірусними хворобами, що щорічно забирали мільйони життів, наприклад, з різними типами гепатитів, та у деякій мірі, зі СНІДом.
Ще однією досить великою сучасною проблемою, пов’язаною з лікуванням хвороб, які викликаються вірусами є те, що всі існуючі на сьогоднішній день препарати, які буцімто лікують їх, насправді не є дієвими. Це в першу чергу торкається різноманітних розрекламованих противірусних препаратів, наприклад, «Гроприназину», «Амізону», «Аміксину» і інших відносно недорогих препаратів, які можна знайти в аптеці. Згідно до сучасних тенденцій доказової медицини, жоден з цих недорогих препаратів не має задокументованої і підтвердженої науковими дослідами ефективності. Єдиними дійсно ефективними на сьогодні противірусними препаратами, що доступні широкому загалу, є препарати на основі рекомбінованого людського інтерферону, наприклад, «Пегасус», якими здебільшого намагаються лікувати гепатит, а також різноманітні протигерпетичні препарати.
