Еволюційна філогенія (або філогенез) (від. грец. філо - рід і генезіс - породжую) - розділ еволюційної біології, що вивчає шляхи історичного розвитку біорізноманіття Землі. Термін філогенез ввів у науку німецький учений Е. Геккель у 1866 р. Ним він визначав історичний розвиток окремих видів, систематичних груп та органічного світу в цілому. В сучасному розумінні поняття філогенія застосовується і для досліджень еволюції молекул, клітин, органів, систем органів, популяцій, окремих видів, екосистем та біосфери в цілому. Метою еволюційної філогенії є реконструкція походження і послідовності еволюційних перетворень та побудова природної системи органічного світу.
Вихідним методом для досліджень філогенезу був метод «потрійного паралелізму» з використанням знань морфології, ембріології та палеонтології. Сучасна еволюційна філогенія використовує дані генетики, біохімії, молекулярної біології та багатьох інших наук. Важливу інформацію для науковців дають методи молекулярної філогенетики, що досліджують філогенетичні відносини молекул ДНК, РНК і білків різних організмів. Так, було з’ясовано, що для встановлення еволюційних зв’язків між царствами і типами живих організмів найбільше значення має рРНК. Причина криється в тому, що ця молекула виникла на ранніх етапах становлення життя і є в усіх живих організмів.
Для ілюстрації філогенії еволюційних зв’язків між групами організмів застосовують філогенетичні дерева. Це зображення філогенетичних відносин у будь-якій природній групі організмів або в межах всього органічного світу.
Результати досліджень еволюційної філогенії найширше використовуються в біосистематиці для класифікації організмів, в біогеографії -для вивчення поширення, в етології - для дослідження еволюції поведінки, в медицині - для розуміння шляхів виникнення хвороботворних мікроорганізмів та ін.
Отже, предметом досліджень еволюційної філогенії є еволюційні зв'язки між організмами на різних рівнях організації живого та шляхи історичного розвитку біорізноманіття на Землі.
