У водних мешканців органами дихання є зябра, які можуть бути вивернутими назовні. Зябра представляють із себе здебільшого розгалужені найтонші дихальні поверхні, пронизані густою сіткою кровоносних капілярних судин (у личинок земноводних). Найбільш ефективно відбувається вилучення кисню з води зябрами риб. В основі їх роботи лежить явище протитоку: кров у капілярах зябрових пелюсток тече в напрямку, протилежному току води, що омиває зябра.
У деяких видів гається комбінування водного і повітряного дихання (наприклад, дводишні риби).
