Простейшие имеют большое значение в природе и жизни человека. Водные инфузории и другие одноклеточные поглощают бактерии и, таким образом, играют важную роль в биологической очистке сточных вод. Сами они служат пищей пресноводным рачкам, молоди рыб, личинкам комаров и др.
Дизентерийная амеба вызывает основную форму кровавого поноса-амебную дизентерию (амебиоз)
