За зовнішнім виглядом зозулин льон являє собою трав'яниста рослина висотою близько 20 см. Стебло звичайно не галузиться, має зеленувато-бурий відтінок. На стеблі розташовуються безліч звужених тонких листя. На них можна побачити жилку. До грунту зозулин льон прикріплюється за до ризоидов (подібності коренів, так як у них немає характерних для коренів тканин).
