Скорее всего в результате дыхания. А у анаэробов в процессе анаэробного окисления аммония, метана.
В результате дыхания, очевидно же. Ну а у анаэробов в процессе анаэробного окисления аммония, метана и некоторых других столь же экзотических процессов.