Река загрязнена. По Костанайской области отмечено превышение ПДК по некоторым тяжёлым металлам, реку отнесли к загрязнённым водным объектам
Ихтиофауна Править
Тобол богат рыбой. В верхнем и среднем течении реки и её стариц ловятся: окунь, щука, плотва, язь, голец, пескарь, ёрш, судак, лещ, карась, карп. Нижний участок Тобола от реки Исеть до устья наиболее интересен для рыбалки. Здесь также водятся: стерлядь, муксун, нельма, сибирский осётр, есть шанс поймать чира.
