Прокариоты являются неотъемлемой частью пищевых цепей, существующих в биоценозах. Они служат пищей для более сложно устроенных одноклеточных эукариот. Они также являются редуцентами - организмами, разлагающими органические соединения до неорганических.
Важно упомянуть также регуляторную роль прокариот, которую они реализуют путем уничтожения более крупных организмов. Они являются возбудителями многих заболеваний и отыгрывают некоторую роль в регуляции численности чрезмерно расплодившихся видов, однако, с другой стороны, могут быть и причиной опустошительных эпидемий.
