1. Палеонтологический метод. Заключается в изучении ископаемых остатков организмов, проживающих в геологические периоды, и сравнение их с ныне живущими видами или так же вымершими переходными формами.
2. Эмбриологический метод. Сравнение зародышей различных представителей животного мира на разных стадиях развития, нахождение сходств и расхождений.
3. Сравнительно-морфологический метод. Изучение внешнего и внутреннего строения одних видов, сравнение определённых морфологических частей организма одного вида с другим и нахождение сходств и различий между ними.
4. Биогеографический метод. Изучение географического положения популяций живых организмов, и сравнение их с предположительными данными о проживании других организмов в определённые геологические периоды, и на основании этого установление хода эволюции.
5. Генетический метод. Изучение хромосомных наборов видов, сравнение их между собой, и по мере нахождения сходств выстраивание эволюционной цепочки.
