Во-первых, некоторые водоросли, вызывающие «цветение», в частности многие сине-зеленые (цианобактерии) и динофлагелляты, ядовиты. Во-вторых, во время «цветения» часто возникает острая нехватка кислорода. Кислород часто выделяется в атмосферу в виде пузырьков. Органические же вещества остаются в водоеме. По ночам фотосинтез не идёт. При высокой температуре и дыхании организмов, химические процессы окисления идут особенно интенсивно. В случае очень сильного «цветения» в воде, особенно в придонном слое, вообще может не остаться кислорода. При этом органические вещества претерпевают бескислородное окисление, в результате чего выделяются метан, аммиак и сероводород. Последний особенно опасен для всего живого в водоеме.
