Большинство белков подвергается гидролизу в проксимальном отделе тонкого кишечника, хотя процесс начинается в желудке. Пепсин в желудке является неспецифической эндопептидазой, расщепляющей белки на более мелкие пептиды. Проэнзимы секрета поджелудочной железы активируются дуоденальной энтерокиназой при попадании в кишечник, и затем трипсин продолжает активировать самого себя и другие энзимы. Трипсин и химотрипсин расщепляют белки на более мелкие пептиды, в то время как карбоксипептидаза А и В расщепляют конечные аминокислоты из этих пептидов. Конечным результатом такого внутрипросветного пищеварения являются некоторые свободные аминокислоты, но преимущественно мелкие пептиды. Внутренние соединения белков расщепляются эластазой, а нуклеиновые кислоты — некоторыми другими энзимами, такими как рибонуклеаза и дезоксирибонуклеаза.
