Дыхательная система
У амфибий впервые появляются слаборазвитые легкие со слабыми альвеолами. У рептилий появляются более развитые альвеолы.
Кровеносная система
У амфибий впервые появляется второй круг кровообращения среди позвоночных животных. Также, у них появляется трехкамерное сердце. У рептилий начинает формироваться перегородка в желудочке, которая уже появилась у крокодилов.
Пищеварительная система
Главное достоинство четырехногих животных - слюнные железы. У амфибий появляются слюнные железы, а у рептилий слепая кишка.
