В 1395 году святитель Стефан снова отправился в Москву по делам паствы и здесь скончался. Тело его было положено в монастыре за стеною» (в храме на Бору в честь ) в Московском Кремле. Горько оплакивали зыряне кончину своего апостола. Они усиленно упрашивали Московского князя и Митрополита отпустить в Пермь тело их наставника, но Москва не хотела расстаться с останками великого святителя. В XVI столетии Русская Православная Церковь причислила епископа Пермского Стефана к лику святых.
