Почему вода поглощает инфракрасное излучение, а видимый свет пропускает ? ведь энергия фотона у света больше и должно быть всё наоборот.

Так уж сложилось, что многие атомы в молекулах колеблются с ик-частотами, соответственно, ик-излучение попадает в "резонанс" и поглощается, а в случае с видимым светом такого не происходит.