Известно, что чем больше скорость движения молекул тела, тем выше его температура. почему же не нагревается пуля, выпущенная из пневматического ружья в тире , хотя все молекулы движутся к мишени с большой скоростью

Температура характеризует скорость хаотического движения, а все "молекулы" пули летят поступательно.

Замечания:
1) На самом деле пуля греется - за счет трения о воздух
2) В металлах молекул как таковых и нет - металлы как правило кристаллы.
3) Скорость пули не такая уж и большая - при комнатной температуре молекулы воздуха движутся со скоростями порядка 300 - 400 м/с, что примерно совпадает со скоростью звука (и, как следствие, с начальной скоростью пули)