Известно, что чем больше скорость движения молекул тела, тем выше температура. почему же не нагревается пуля, выстреленная в тире из пневматического ружья, хотя все ее молекулы движутся к мишени с большой скоростью?

Её молекулы  не двигаются с большой скоростью, а с обычной, на её движение действует пневматика, тоесть сжатый воздух, тоесть, что и может разогреть, так это только воздух.