Два одинаковых товарных поезда – гружёный и порожний – идут по параллельным путям с одинаковой скоростью. могут ли удары на стыках рельсов вызвать резонанс колебаний вагонов обоих поездов? !

Да, конечно.. резонанс вызывается колебаниями, происхожящими с постоянной разностью фаз. абсолютно не зависит от веса поезда (амплитуды). для предотвращения надо бы сделать рельсы разной длины