Альберт-Нил
Участок между озером Альберт (или Мобуту-Сесе-Секо) и устьем правого притока Ачва носит название Альберт-Нил (Albert Nile). Река имеет равнинный характер течения до её вхождения в Судан через узкое ущелье Нимуле, где течение вновь становится бурным и порожистым.
Бахр-эль-Джебель
900-километровый участок, называемый Бахр-эль-Джебель, по-арабски «река гор», между городами Джуба и Малакаль, выйдя из пределов нагорья, протекает через заболоченный район Сэдд, расположенный в обширной плоской котловине[4].
Заболачивание происходит из-за того, что огромные массы водорослей и папируса загромождают русло, русло распадается на ряд рукавов, скорость потока падает, и большая часть принесённых с гор вод разливается по поверхности, испаряется, расходуется водной растительностью. Островки водной растительности, именуемые сэддами, в высокую воду отрываются от илистого грунта и медленно плывут вниз по течению. Сталкиваясь и сливаясь друг с другом, они часто закупоривают русло и мешают судоходству.
При пересечении района Седд до 2/3 воды теряется на испарение, питание водной растительности и заполнение впадин[4].
Самые крупные притоки в этой части течения, имеющие истоки на западе Эфиопии — Эль-Газаль («река газелей») и Собат[8], воды которого, стекая с гор, содержат большое количество взвесей и имеют характерный мутно-жёлтый (беловатый) цвет.
Белый Нил
Ниже Собата река получает название Белый Нил (Бахр-эль-Абьяд), оставляет позади область болот и далее спокойно течёт в широкой долине по полупустынной местности до Хартума, где сливается с Голубым Нилом. Отсюда и до Средиземного моря река именуется Нил (Эль-Бахр). Голубой Нил значительно короче Белого, но в формировании режима Нила ниже Хартума он играет гораздо более важную роль. Голубой Нил берёт начало с Эфиопского нагорья, вытекая из озера Тана. С этого же нагорья Нил получает свой последний многоводный приток — Атбару.
Исчезнувший приток
Во времена «атлантического оптимума» существовал ещё один большой приток слева — «Жёлтый Нил» — который сходил с Дарфурского нагорья, и, пройдя через (тогда ещё) степные районы, впадал в Нил близ старой Донголы. Около трёх тысячелетий назад, вследствие непрекращающегося иссушения климата и наступления пустынь, он прекратил своё существование. Ныне от него осталась лишь вади Ховар, в верховьях формирующая часть границы Чада и Северного Дарфура, а далее теряющаяся в песках Ливийской пустыни[10].
Нильские пороги
Ниже устья последнего крупного притока (Атбара), примерно в 300 км от Хартума, начинается Нубийская пустыня.
Здесь Нил делает большую излучину, прорезая плато, сложенное твёрдыми песчаниками (см. Гебель эс-Сильсила), и пересекает ряд порогов (катаракты). Всего между Хартумом и Асуаном насчитывается 6 порогов. Первый из них, ближайший к устью, находится в районе Асуана, к северу от Асуанской плотины.
Плотина Асуанского водохранилища
Вплоть до 60-х годов XX века (то есть до возведения на территории Египта Высотной Асуанской плотины в 270 км от суданско-египетской границы) пороги представляли серьёзное препятствие для сплошного судоходства. В районе порогов круглогодичное плавание было возможно лишь на лодках. Для постоянного судоходства использовались участки между Хартумом и Джубой, Асуаном и Каиром, Каиром и устьем Нила.
Теперь здесь разлилось искусственное водохранилище (Озеро Насер — بحيرة ناصر), откуда Нил вновь направляется на север сквозь плодородную долину шириной 20—50 км, которая в начале антропогена была заливом Средиземного моря.
В результате постройки в Судане плотины Мерове[en] в 2000-х годах был затоплен 4-й порог[11][12].
