Озеро находиться в глубокой впадине с одноименным названием, образовавшейся в результате интенсивного движения земной коры. Дно Бакала неоднородно. Оно состоит из трех котловин: Южной, Северной и Средней. Впадины разделяются Селенгинским и Академическим хребтами. Его береговая линия сформировалась лишь 8 тыс. лет назад, а самые глубокие места имеют историю в 150 тыс. лет. Это связано с тем, что ледниковые озера, каким и является Байкал, могут жить только 10-15 тыс. лет, а далее происходит его заиливание и заболачивание.
