Основная часть его территории представляет собой вулканическое нагорье.
Над нагорьем вздымаются две параллельные цепи вулканов. Северная, более низкая, состоит из потухших вулканов; южная — из действующих. Самый высокий из них — Санта-Ана (на западе страны) достигает высоты 2381 м. Почти непрерывно действующий с XVIII-го века вулкан Исалько (1885 м) называют «маяком Сальвадора» — по ночам зарево над ним видно с кораблей, проходящих далеко в океане. Частые извержения вулканов и землетрясения причиняют немалый ущерб населению и экономике страны.
На юге вдоль тихоокеанского побережья лежит полоса низменности шириной 10—30 км.
К северу от нагорья почти параллельно побережью лежит глубокая (350—450 м) тектоническая впадина — долина реки Лемпы.
Сальвадор расположен в тропическом поясе, однако благодаря значительной высоте его нагорье находится в пределах умеренной зоны. Год делится на два сезона: сухой (ноябрь-апрель) и дождливый (май-октябрь). Средняя месячная температура 22—25°; на низменности — на 2—3° выше, в горах — на 3—5° ниже. На нагорье проживает ¾ населения страны, расположены столица и другие крупные города.
Недра Сальвадора содержат различные полезные ископаемые: железо, медь, цинк,свинец, серебро, золото, платина, ртуть, бокситы, сера, асбест, каолин, кварц, гипс,известняк. Имеются гранит и мрамор. Но разведаны и разрабатываются эти минеральные богатства слабо.
