Монголы которые пришли на смену киданям в XIII веке, образовали на территории современного Кыргызстана государство Хайду, Чагатайский улус и Моголистан. В монгольский период истории, киргизские племена проживали между Юань, Золотой Ордой и Моголистаном. Под давлением Империи Юань и ойратов, большая их часть заняла северо-восточные пределы Моголистана — Прииртышье и Илийскую долину.
