Фернан Магеллан родился 20 ноября 1480 года. Место его рождения спорно, основные авторы указывают в качестве такового город Саброза, но, возможно, он родился в городе Порту. О семье мореплавателя также известно немногое, в частности, то, что она принадлежала к дворянству. Предполагается, что отцом его был Руй или Родригу де Магеллан (1433—1500), бывший одно время алькальдом крепости Авейру. Мать Алда де Мошкита (Мишкита). Кроме Фернана у них было четверо детей. Об их жизни ничего не известно. В молодости Фернан был пажом у королевы Леоноры Ависской, жены Жуана II.
В 1498 году португальцами был открыт морской путь в Индию. Вслед за Васко да Гамой из Португалии стали отправляться эскадра за эскадрой на завоевание востока. В 1505 году при отправке эскадры вице-короля Франсишку де Алмейды моряков уже не хватало. Некоторые рулевые не знали где право, а где лево. Тогда к правому борту корабля привязывали чеснок, а к левому — лук, и командовали по принципу «сено-солома». В этой экспедиции в качестве собресалиенте (сверхштатного воина) участвовал и Магеллан.
