По результатам многочисленных исследований, проведённых группами американских и российских учёных, самой главной проблемой акватории Аральского моря, является браконьерство и незаконный отлов рыбы, включая редкие виды. Учёными подсчитано, что в Аральском море наблюдается значительное снижение обычной численности рыб в результате негативной человеческой активности. Спад численности рыб, привёл и к уменьшению количества птиц, так как данная экосистема связана напрямую. Проблема экологии и загрязнения также присутствует, но не в таких катастрофических масштабах, как проблема сверхинтенсивного отлова рыбы.
