Зараз найбільш важливими та актуальними для Чорного моря є 5 проблем: зниження біологічного різноманіття, зменшення запасів промислових видів риб та неконтрольований вилов риби, руйнування берегів, забруднення морського середовища, вплив морського транспорту.
