Крупнейшая река - Тана (длина - около 750 км.) начинается в горах Абердэр и, пересекая восточный край их предгорий, образует серию водопадов. На водопадах Свен-Фолс и ниже по течению сооружены крупные ГЭС.
Озеро Рудольф, называемое местными жителями "Бассо-Норок" (тёмная вода), занимает узкую тектоническую впадину шириной до 50 км и длиной около 260 км. Его площадь - 6,4 тыс. кв. км.
Далее на юг цепочка озёр тянется по грабену Грегори. Самые крупные из них - Баринго и Наиваша - пресные, остальные - минерализованные.
Пресноводное оз. Виктория (африканское море) оказывает значительное влияние на климат западной Кении. Здесь обитает множество промысловых рыб.