Північ: 47°05′ пн. ш. 12°11′ сх. д.
Testa Gemella Occidentale[it] (нім. Westlicher Zwillingskopf), муніципалітет Предої, на кордоні з Австрією,
Південь: 43°40′ пн. ш. 25°22′ сх. д.
о. Лампедуза, муніципалітет Лампедуза-е-Ліноза 35°29′ пн. ш. 12°36′ сх. д.[1]
материкова частина: мис Спартівенто, муніципалітет Реджо-Калабрія 37°56′ пн. ш. 16°03′ сх. д.
Захід: 45°06′ пн. ш. 6°37′ сх. д.
Rocca Bernauda[it] (фр. Roche Bernaude), муніципалітет Бардонеккія, на кордоні з Францією,
Схід: 40°06′ пн. ш. 18°31′ сх. д.
мис Отранто, муніципалітет Отранто.
Заповедник расположен в Алагирском районе Северной Осетии на северном склоне Большого Кавказского хребта в пределах высот 650—4 249 м над уровнем моря.
С севера на юг в заповедник полностью или частично входят хребты Кавказа: Предгорный, Лесистый, Пастбищный, Скалистый, Боковой и Главный (Водораздельный).
В заповеднике находится 76 ледников общей площадью около 37 кв. км. Крупнейший ледниковый узел — Караугом-Цейский — находится в Адайхозском массиве. Цейский ледник, самый крупный в заповеднике, имеет площадь 9,7 кв. км и длину 8,6 км. Он заканчивается на высоте 2 300 м, в лесной зоне.
С ледников берут начало реки заповедника — Ардон (самая большая), Садон, Баддон, Архондон, Цажиудон, Бугултыдон и другие.
Имеется также несколько моренных озёр — Цажиуцад и другие. Есть небольшое минеральное озеро с постоянно бурлящей водой у села Згил.
В заповеднике насчитывают более 150 лавиноопасных зон. Наиболее часто лавины сходят в Цейском и Касарском ущельях.
В урочище Шуби Скалистого хребта находится крупнейшая из пещер Центрального Кавказа — Шуби-Ныхасская, её общая длина более 1 000 м.
