По своему рельефу Море Лаптевых — батиальная равнина, пологая в его южной части и круто обрывающаяся к ложу океана. Глубины менее 100 м занимают около 70%, а более 1000 м — 18% площади Моря Лаптевых.
Рельеф дна южной (шельфовой) части Моря Лаптевых очень сложный; здесь наблюдаются многочисленные депрессии эрозионного и тектонического происхождения, продолжения подводных русел современных рек, а также мелководья и банки. Материковый склон прорезан глубоководным желобом Садко, который на севере переходит в котловину Нансена.
В мелководных районах Моря Лаптевых осадки состоят из песка и ила, иногда с добавлением гальки и валунов. На больших глубинах наблюдаются илы. На осадкообразование в прибрежной зоне Моря Лаптевых большое влияние оказывают реки, в особенности Лена (11,3 млн. т взвешенных наносов в год) и Яна (6,2 млн. т взвешенных наносов в год) . Намыв осадков и эрозия берегов тому, что скорость осадкообразования в прибрежной зоне может достигать 25 см/год. В восточной части Моря Лаптевых под слоем осадков нередко встречается реликтовый лед.
Субэкваториальный пояс переходный, вследствие этого происходит сезонная смена воздушных масс — летом экваториальных, зимой тропических. Летом в этом поясе господствуют экваториальные западные муссоны, а зимой — тропические восточные. Средние месячные температуры от 15° до 32 °С, температура поверхностных вод океанов в субэкваториальной зоне почти постоянна, колеблется около 25 °С. Высокая температура вод, повышенная соленость и малое содержание кислорода не благоприятствуют биологической продуктивности. Количество осадков и продолжительность дождливого периода уменьшаются по мере удаления от экватора. Осадков выпадает от 250 до 2000 мм в год. 90—95 % осадков приходятся на летний дождливый период продолжительностью от 2—3 до 9—10 мес, зима сухая.В тропических климатических поясах в течение года преобладает сухой и горячий тропический воздух. Различие температурного режима между зимой и летом более значительно. Средние температуры самого теплого месяца составляют +30-35 ° С, холодного – обычно не ниже +10 ° С. Для тропического пояса характерны значительные перепады температур между ночью и днём. Иногда они достигают 40 ° С, а среднегодовые около 20 ° С. В тропиках осадков выпадает очень мало: 50-150 мм/год. Исключением являются лишь побережья материков, на которые влага приносится с океана. В субтропических климатических поясах летом господствует сухой тропический воздух, зимой – более влажный умеренный. Характерно наличие сухого и влажного периодов. Естественно, что лето здесь сухое и жаркое (средние температуры около 30 ° С). Зима влажная и теплая, хотя иногда температуры всё же опускаются ниже 0 ° С. Иногда здесь даже выпадает снег, но снежный покров не образуется. Количество осадков в целом недостаточное (200 — 500 мм/год). В субтропиках выделяют несколько климатических областей: средиземноморская (сухое и жаркое лето и дождливая теплая зима), муссонная субтропическая (лето жаркое и дождливое, зима холодная и сухая), субтропическая континентальная (лето жаркое и сухое, зима относительно холодная с малым количеством осадков).
