До появления на Новой Зеландии людей (около 1300 г.) единственными эндемичными млекопитающими здесь были три вида летучих мышей: длиннохвостые и короткохвостые (футлярокрылы).
Тюлени и киты, когда-то встречавшиеся в Новой Зеландии повсеместно, в 19 в. были почти истреблены. Сейчас известны несколько колоний тюленей: морских львов, морских котиков.
Киты и дельфины встречаются в море постоянно. В период октябрь-декабрь в проливе Кука можно встретить стада мигрирующих китов. Из 77 видов дельфинов и китов в Новой Зеландии встречаются 35 видов. Эндемик этих мест – дельфин Гектора.
Большую опасность для Новой Зеландии представляют интродуцированные животные, которые подрывают экосистему островов. Поэтому популяции оленей, поссумов, крыс, куньих находятся под контролем правительства.
