Дно в основном покрыто илом, но встречаются песчаные и каменистые участки, преимущественно с мелкой галькой. Берега Зайсана низинные и в основном покрыты камышовыми зарослями. Однако в тех местах, где в озеро вдаются возвышенные мысы, берег преимущественно чист.
Островов в озере практ
