Большинство внутренних морей относится к бассейну Тихого океана, исключением являются Тиморское и Арафурское моря
Крупнейшими морями омывающими острова архипелага являются - Южно-Китайское море и Яванское море,
море Сулавеси,море Банда,Молуккское море,море Серам,море Саву,море Флорес,
море ХальмахераОна омывается Индийским и Тихим океанами
