Пятнистый олень, косуля, кабан, барсук, куница, зайцы (беляк и русак), белка, реакклиматизированые бобры (которые, кстати, крайне быстро освоились в новом месте: построили плотину, запруду, хатки и наделали бобрят) и другие. 9 видов млекопитающих, зарегистрированных в заповеднике, внесены в Красную книгу Московской области:
