Подскажите, что надо сделать в этом случае. ничего не поняла: корневой каталог диска е имеет формат файловой системы faт и может содержать ограниченное число элементов. сохраните элементы во вложенной папке или отформатируйте диск, выбрав файловую систему ntfs?

Это две совершенно разные задачи!
Сохранить элементы из корня диска Е во вложенной папке:
copy e:\*.* e:\Papka\*.*
В результате этой команды файлы будут скопированы в папку E:\Papka
ren e:\*.* e:\Papka\*.*
В результате этой команды файлы будут перемещены в папку E:\Papka
Отформатировать диск в системе NTFS
format /fs:ntfs e:
В результате этой команды диск Е будет отформатирован и на нем никаких элементов не останется.