Проповедуя в Вифлеемской часовне, Гус высказывал мнение, отличное от официальной политики папской курии. Чтобы распространить свои учения, Гус не только проповедовал с кафедры: он также приказал расписать стены Вифлеемской часовни рисунками с назидательными сюжетами, сложил несколько песен, которые стали народными, и провёл реформу чешского правописания, сделавшую книги более понятными для простого народа. Именно он добился передачи каждого звука речи отдельной буквой: он разработал диакритические знаки. Гус выступал как против индульгенций, так и против права иерархов христианской церкви поднимать меч на их врагов. Одиозный антипапа Иоанн XXIII наложил на Гуса интердикт. Чтобы не подвергать интердикту всю Прагу, Гус, по совету короля Вацлава, уехал в Южную Чехию (вначале в замок Кози-Градек, а затем в Краковец), где местная шляхта не подчинялась решениям папы. Там он продолжил открыто критиковать церковную и светскую власть. В 1411 году пражский архиепископ Збинек Зайиц прямо обвинил Гуса в ереси. Это обвинение бросило тень на университет и на короля Вацлава IV, который оказывал Гусу некоторую поддержку. Вацлав назвал заявление Збинека клеветой и приказал конфисковать владения тех священников, которые эту «клевету» распространяли.
В 1414 году Гус был вызван на Констанцский собор, имевший целью объединить Римскую католическую церковь и прекратить Великий западный раскол. Германский король Сигизмунд Люксембургский обещал Гусу личную безопасность. Однако, когда Гус прибыл в Констанц и получил охранную грамоту, оказалось, что Сигизмунд дал ему обычную подорожную грамоту. В присутствии папы Иоанна XXIII и членов Собора против Гуса выдвинули обвинение в ереси и организации изгнания немцев из Пражского университета.
