На волне кризисных явлений в СССР, кульминацией которых стало поражение ГКЧП, Верховный Совет Киргизии провозгласил 31 августа 1991 независимость республики.
6 марта 1992 года Верховный Совет Киргизии ратифицировал алма-атинский протокол к беловежскому соглашению о прекращении существования СССР и об образовании СНГ[30].
5 мая 1993 года была принята первая Конституция Киргизской Республики, которая закрепляла президентскую форму правления. Подобно России Киргизия пережила этап конфронтации между президентом и прокоммунистическим парламентом. В 1993 страну потряс первый коррупционный скандал, связанный с именем премьер-министра Турсунбека Чынгышева, в результате чего новым главой правительства стал представитель старой номенклатуры Апас Джумагулов (в 1993—1998). 10 мая 1993 года в Киргизии была введена собственная национальная валюта — сом. Очередной правительственный кризис спровоцировал реформу 1994 году, в результате которого парламент стал двухпалатным. Тем временем, страна превращалась в крупную перевалочную базу экспорта афганских наркотиков. Ключевым центром киргизской наркоторговли стал город Ош[31], где проживало значительное узбекское меньшинство. В стране в начале 1990-х годов была очень высокая инфляция - 360 % в 1992 году, 470,0 % в 1993 году, 90,0 % в 1994 году[32]. В дальнейшем рост цен несколько замедлился и в 1995 - 1998 годах годовая инфляция снизилась с 31,9 % до 18,4 %[32]. В 1999 году опять инфляция достигла 39,9 %, но в дальнейшем снизилась (9,6 % в 2000 году), а в 2001 - 2006 годах не превышала 10,0 %[32].
На рубеже тысячелетий республика невольно была вовлечена в борьбу против терроризма, которая была предвосхищена геополитической нестабильностью у южных рубежей. В 1999 году Киргизию всколыхнули Баткенские события, когда боевики Исламского движения Узбекистана попытались прорваться из Таджикистана через территорию Киргизии в Узбекистан. В 2001 году в Киргизии была размещена американская авиабаза Манас. Первым симптомом кризиса стали Аксыйские события 2002 года. Затем произошла Тюльпановая революция 24 марта 2005, завершившая 15-летнее правление Аскара Акаева (1990—2005). Новым президентом стал Курманбек Бакиев (2005—2010), которому не удалось стабилизировать положение в стране.
Бакиев был свергнут во время очередной революции 7 апреля 2010 года. Власть перешла временному правительству во главе с лидером революции Розой Отунбаевой. Столкновения между сторонниками новой и старой власти спровоцировали межэтнический конфликт между киргизами и узбеками на юге страны, в ходе которого погибло свыше 200 человек, а сотни тысяч узбеков покинули страну.
27 июня 2010 в Киргизии референдум, на котором были подтверждены полномочия Розы Отунбаевой в качестве главы государства на переходный период до 2011 года, а также была принята новая конституция, утверждающая в стране парламентскую форму правления[33].
30 октября 2011 года выборы президента, из 16 кандидатов победу одержал А. Атамбаев с 63,24 % голосов. Всего проголосовало около 1858596 (61,28 %) граждан.
С тех пор в 2014 и 2016 годах Киргизия оставалась относительно стабильной, и даже принимала два фестиваля «Всемирные игры кочевников».
15 октября 2017 по итогом выборов президента Киргизии, президентом стал Сооронбай Жээнбеков с 54,22 % голосов. Явка 54,34 % граждан Киргизии.
