Вступление македонской армии на территорию восточных сатрапий резко изменило сам характер войны. Если раньше население захватываемых территорий, за редким исключением, равнодушно смотрело на смену одного господина другим, то теперь началась настоящая война против завоевателей. В этой борьбе можно выделить три этапа. На первом борьбу возглавил бывший сатрап Бактрии Бесс, который объявил себя персидским царем, приняв имя Артаксеркса IV. К нему стекались все, кто хотел сопротивляться Александру. Примерно в течение полугода Александру пришлось задержаться в Арии, где на борьбу поднялся вступивший в союз с Бессом сатрап Сатибарзан. Волнения охватили Арахозию и Дрангиану, но несогласованность действий сатрапов Александру расправиться с ними, и весной 329 г. до н. э. он через горы из Арахозии в долину современного Кабула, а оттуда, преодолев перевалы Гиндукуша, вторгся в Бакгрию. Бесс не смог организовать настоящего сопротивления, видимо, не пользуясь доверием местного населения, и войско Александра переправилось через Оке (совр. Амударья) и вступило в Согдиану. Этот этап борьбы завершился выдачей Бесса Александру, который передал его родственникам Дария на расправу.
На следующем этапе борьба приобретает наибольший размах, в нее включаются широкие народные массы, мужественно и упорно сражавшиеся за свою свободу и независимость. Борьбу возглавил один из согдийских вождей Спитамен — талантливый полководец, который, используя методы партизанской войны, неоднократно заманивал в пустыню отряды македонян, истребляя их и ускользая от основных частей.
Захватив столицу Согдианы Мараканду, Александр двинулся к реке Яксарт (совр. Сырдарья), основал Александрию Крайнюю (в р-не совр. Ходжента) и, переправившись через реку, разбил заяксартских кочевников. Между тем Спигамену удалось уничтожить отряд, посланный Александром на выручку Мараканде, которую осадили воины Спитамена. Узнав об этом, Александр поспешил к Мараканде, но Спигамену удалось укрыться в пустыне. В ответ Александр подверг полному опустошению долину Зеравшана. По свидетельству Курция Руфа, он «приказал жечь села и убивать всех взрослых»; согласно Диодору, он истребил здесь 120 тыс. человек, а остальных обратил в рабство. Но сопротивление не было сломлено, и в течение всего 328 г. до н. э. Александр был вынужден вести борьбу в Согдиане. Он построил ряд опорных военно-административных пунктов (Александрии) и своими многочисленными отрядами буквально прочесывал всю территорию. Спитамен, который ушел за Оке (в современную Туркмению) к массагетам, неоднократно совершал оттуда набеги на Согдиану, но в конце концов был разбит и бежал к массагетам, которые убили его.
С гибелью Спитамена борьба не прекратилась, но на последнем этапе она продолжалась только в отдельных горных районах. Постепенно бактрийская и согдийская знать переходит на сторону Александра. Внешнее выражение это примирение нашло в женитьбе Александра на дочери одного из бывших руководителей сопротивления Роксане. В войско Александра включается бактрийская и согдийская конница. Так закончилась борьба народов Средней Азии с завоевателями. Она потребовала от греко-македонской армии такого напряжения сил и привела к таким потерям, которых Александр еще не знал.
