На момент создания Московского университета в России уже существовали учебные заведения, где учили богословию: духовные семинарии, они же архиерейские школы, плюс полноценное высшее учебное заведение, где учили богословию - Славяно-греко-латинская академия. Они были созданы до университета, и их было вполне достаточно, поэтому открывать богословский факультет еще и в Московском университете было совершенно излишне.