Условия договора имели статус имперского закона, легли в основу государственного устройства Священной Римской империи нового времени и обеспечили восстановление политического единства и стабильности в Германии на протяжении второй половины XVI века. В то же время Аугсбургский мир не признал свободы вероисповедания подданных империи, что привело к возникновению принципа cujus regio, ejus religio («чья земля, того и вера») и создало почву для возобновления конфессионального противостояния. Система, созданная на основе Аугсбургского мира, распалась в начале XVII века, что стало одной из причин Тридцатилетней войны.
