Деятельность правительства Годунова была нацелена на всестороннее укрепление государственности. Благодаря его стараниям, в 1588 был избран первый русский патриарх, которым стал митрополит Иов. Учреждение патриаршества свидетельствовало овозросшем престиже России. Во внутренней политике правительства Годунова преобладали здравый смысл и расчётливость. Развернулось небывалое строительство городов, крепостных сооружений.
При нём в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества, например, в Кремле был сооружён водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор.
Борис Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. С размахом осуществлялось церковное строительство.
Годунов стремился облегчить положение посадских людей.
Хозяйственный кризис 1570-х — начала 1580-х гг. заставил пойти на установление крепостной зависимости. В 1597 г. был издан указ об «урочных летах» , согласно которому крестьяне, бежавшие от господ «до нынешнего… году за пять лет» подлежали сыску, суду и возвращению «назад, где кто жил» . На бежавших шесть лет назад и ранее указ не распространялся, их прежним владельцам не возвращали.
Во внешней политике Годунов проявил себя как талантливый дипломат. 18 мая 1595 г. в Тявзине (близ Ивангорода) был заключён мирный договор между Россией и Швецией. Годунов сумел воспользоваться сложной внутриполитической ситуацией в Швеции, и Россия, согласно договору, вернула себе Ивангород, Ям, Копорье и волость Корелу.
