Главнейшие непреодолимые противоречия между Думой и правительством сводились к двум темам — «ответственному министерству» и «аграрному вопросу».
Правительство выступало против ответственного, то есть назначаемого парламентом, министерства, но при этом к моменту созыва II Думы трижды пыталось назначить на часть министерских должностей представителей думского большинства. Последняя попытка была сделана Столыпиным в июле 1906 года. Но общественные деятели были уверены, что будущая II Дума сможет принудить правительство к созданию ответственного перед ней кабинета, поэтому они имели мало заинтересованности в превращении в коронных министров смешанного общественно-чиновничьего кабинета. Возможность вхождения в правительство они обставляли такими условиями, которые заведомо не могли быть приняты Столыпиным[8]. В результате и император, и Столыпин к моменту открытия Думы полностью разочаровались в идее участия думских политиков в правительстве. Между тем кадеты и все левые фракции выступали за правительство, назначаемое Думой, не соглашаясь ни на какие уступки.
Ещё более конфликтным был «аграрной вопрос». Оппозиционные партии считали главной мерой поддержки крестьян наделение их землёй, изъятой у помещиков. При этом социал-демократы, эсеры и трудовики считали, что следует отменить частную собственность на землю, конфисковать частные имения и раздавать землю в пользование «по трудовому принципу», то есть уравнительно мелким крестьянским хозяйствам, а кадеты считали, что некоторая часть помещичьей земли должна быть принудительно выкуплена государством и передана крестьянским общинам[9]. Правительство тем временем уже начало проводить аграрную реформу, построенную на совершенно других принципах (основные документы реформы были приняты летом 1906 года, в промежутке между I и II Думами). По мысли Столыпина, реформа была сконцентрирована на предоставлении крестьянам права собственности на землю (прежде общинную) и рациональном землеустроении. При этом земля ни у каких собственников не отбиралась; но государство на льготных условиях кредитовало покупку земли крестьянами. Хотя правительство было готово на мелкие изменения аграрных законов в ходе обсуждения в Думе, любые формы изъятия земли у частных собственников, за плату или без, оно признавало неприемлемыми[10].
