Відновленню життя на Правобережній Україні значну увагу приділяв Степан Куницький, якого Собеський затвердив гетьманом ще в 1683 році. За досить короткий час його гетьманства (1683-1684) були відновлені міста Корсунь, Богуслав, Мошни.
Гетьману Андрію Могилі було дозволено набирати полковників не з дворянського стану, як було досі, а серед козацької старшини. Відразу після цього на Правобережжі відродилося кілька козацьких полків - Білоцерківський (Фастівський), Брацлавський, Вінницький (Кальницький) і Корсунський.
Для гетьманської резиденції Могила обрав місто Немирів Вінницької області. Влітку 1687 призначив наказним гетьманом полковника М.Булига. Під час гетьманства Могили в 1686, 1687, 1689 роках за дорученням польського уряду складалися козацькі компутів (списки, реєстри).
Процес заселення цих земель очолили старі заслужені козаки Семен Палій, Захар Іскра, Самусь (Самійло Іванович) та Андрій Абазин. На відміну від своїх попередників, які спиралися переважно на військовий, авантюристичний елемент, вони вважали за краще осіле, хліборобське населенню. Декларовані пільги привертали сюди мешканців Лівобережжя, переселенців з інших районів Правобережжя, Галичини, вихідців з Білорусії і Молдавії.
На території, визначених польською владою, було створено чотири територіальні козацькі полки. На території полків влада належала полковникам, сотникам і іншим представникам адміністрації. На місцях поширювалися норми звичаєвого та козацького права. У містах і селах створювалися органи козацького самоврядування. Очолював козацьку адміністрацію наказний гетьман, якого призначав король. У 1689-1693 роках наказним гетьманом був Гришко, а його наступником став Самусь.
Козаки нових полків (2 тис. Яких були записані в реєстр) брали активну участь у війні з Туреччиною, за що отримували чималі гроші від польської влади. Зміцнення козацтва призвело до загострення конфлікту з шляхтою, що спалахнув в 1688 році. Але поки йшла війна з Туреччиною, верховна влада Речі Посполитої закривала на це очі.
