Часть протестированных кыпсаков (хуун, санкем, бошман, часть карый), в основном являются представителями гаплогруппы R1a[1], субклад R1a-Z2123[2]
Другой род кыпсаков — карагай — в основном имеют гаплогруппу R1b-М73[3].
