Федор Алексеевич был человеком слабым, болезненным, ходил опираясь на палку, надевал и снимал шапку только с придворного, так как в детстве упал с лошади. Кроме того, он, как и его отец, болел цингой. Царю не нравились пышные церемонии, он отличался скромным нравом и спокойным характером, за что его, подобно Алексею Михайловичу, называли Тишайшим. Государь любил также животных. С его именем связано устройство в селе Воскресенском зверинца и создание во многих дворцовых селах конных заводов. В молодости государем руководили представители двух незнатных родов — Иван Максимович Языков и Алексей Тимофеевич Лихачев. По их выбору он в 1680 году женился на дочери воеводы Семена Федоровича Грушецкого Агафье Семеновне. Под влиянием жены Федор Алексеевич принял ряд постановлений, в результате которых в Москве стали создавать польские и латинские школы, а также брить бороды. Агафья Семеновна умерла в 1681 году вместе с новорожденным царевичем Ильей. 14 февраля 1682 года государь вновь женился, на этот раз на родственнице Языкова семнадцатилетней Марии Матвеевне Апраксиной, дочери стряпчего Матвея Васильевича Апраксина.
Скончался царь через два месяца после свадьбы, 27 апреля 1682 года в Москве, не дожив до 21 года один месяц. Похоронен Федор Алексеевич в Архангельском соборе Московского Кремля. Потомства не имел.
