По преданию монастырь был основан в 613 году ирландским монахом Св. Галлом, учеником св. Колумбана. Карл Мартелл назначил настоятелем Отмара, который основал в монастыре влиятельную художественную школу. Рукописи, выполненные и проиллюстрированные санкт-галленскими монахами (многие из которых были родом из Британии и Ирландии), высоко ценились по всей Европе.
План монастыря Св. Галла (нач. IX века)При аббате Вальдо из Райхенау (740—814 годы) была заложена монастырская библиотека, которая со временем стала одной из самых представительных в Европе. Во время нашествия венгров в 924—933 годах книги были вывезены в Райхенау. Согласно церковному преданию, по Карла Великого папа Адриан I направил в Санкт-Галлен лучших римских певчих (см. Schola cantorum), которые обучили местных монахов технике григорианского пения. По другой версии, в аббатстве была основана и получила мощное развитие собственная певческая школа, а римский посланец занимался уточнением/исправлением санкт-галленских певческих книг (этим объясняются дополнительные призна́ки в нотных рукописях Санкт-Галлена[1]). В IX—X вв. в монастыре работали поэты и музыканты Но́ткер Заика, (полумифический) Туотило, несколько позже — выдающийся мастер словесности, один из родоначальников немецкого литературного языка Ноткер Губастый.
В 1006 году братия зарегистрировала вспышку сверхновой SN 1006.
В X веке монастырь Св. Галла вступил в политическое соперничество с обителью в Райхенау. К XIII веку аббаты Санкт-Галлена не только одержали победу в этом противостоянии, но и добились признания в качестве самостоятельных суверенов в составе Священной Римской империи.
В последующие годы культурное и политическое значение монастыря неуклонно снижалось, пока в 1712 году в Санкт-Галлен не вошло швейцарское ополчение, которое увезло с собой значительную часть монастырских сокровищ.
В 1755—1768 годах средневековые сооружения аббатства были снесены и на их месте выросли грандиозные храмы в стиле барокко.
Несмотря на потери, монастырская библиотека средневековых рукописей ныне насчитывает 160 тыс. единиц хранения и по-прежнему слывёт одной из самых полных в Европе. Одним из самых любопытных экспонатов является План святого Галла, составленный в начале IX века и представляющий идеализированную картину средневекового монастыря (это единственный архитектурный план, сохранившийся от раннего Средневековья).
